Il Meic ha una articolazione organizzativa che si sviluppa su quattro livelli:
1) Ambito locale
L'Assemblea, il Consiglio ed i Presidenti di gruppo
2) Ambito diocesano
I Consigli diocesani ed i Presidenti diocesani
3) Ambito regionale
I Consigli regionali ed i Delegati regionali
4) Ambito nazionale
L'Assemblea, il Consiglio e la Presidenza nazionale

Ambito locale. I Gruppi locali sono costituiti da laici che liberamente si associano per realizzare le finalità del Movimento nel contesto locale, in stretta interazione con l'azione pastorale diocesana. L'adesione personale come socio Meic esprime l'accettazione dei suoi principi ispiratori ed impegna a partecipare alla vita del Movimento, contribuendo a promuovere e sostenere le iniziative locali e nazionali. Organo deliberante di base è l'Assemblea degli aderenti al Gruppo. Essa stabilisce il programma di lavoro e ne verifica i risultati; elegge un Consiglio di Gruppo per la promozione delle iniziative stabilite. Ogni Gruppo, costituito in Assemblea, esprime un socio iscritto da proporre al Vescovo quale Presidente. In ogni Gruppo, le funzioni di Assistente sono esercitate da un sacerdote nominato dall'Autorità ecclesiastica locale.

Ambito diocesano. Normalmente, il Gruppo opera in ambito diocesano, promuove il servizio del Movimento con incontri, dialoghi, confronti e sollecita la formazione di altri Gruppi. Nel caso esistano più Gruppi, viene costituito un Consiglio diocesano per il coordinamento dell'attività del Movimento, in linea con il piano pastorale della Diocesi.

Ambito regionale. I Gruppi si coordinano a livello regionale al fine di mettere a confronto l'attività del Movimento nelle Chiese locali, di sostenere le iniziative a carattere interdiocesano o regionale, di stabilire contatti permanenti con la Conferenza episcopale regionale. Il coordinamento è affidato al Delegato regionale nominato dal Consiglio regionale, di cui fanno parte i Presidenti dei gruppi e i Presidenti diocesani. In ogni Consiglio regionale le funzioni di Assistente sono esercitate da un sacerdote nominato dall'Autorità ecclesiastica competente.

Ambito nazionale. I Gruppi sono coordinati in sede nazionale per la formulazione e l'attuazione della linea programmatica generale del Movimento. Sono organi nazionali del Movimento l'Assemblea, il Consiglio, la Presidenza.

L'Assemblea nazionale. Presieduta dal Presidente nazionale, è costituita dai Delegati dei Gruppi, i Presidenti dei Gruppi, i Presidenti diocesani, i Delegati regionali e dal Consiglio e dalla Presidenza nazionale uscente. L'Assemblea dibatte ed indica gli orientamenti fondamentali del Movimento, verifica l'attività svolta a tutti i livelli, elegge a scrutinio segreto i Consiglieri nazionali.

Il Consiglio nazionale. Presieduto dal Presidente nazionale, è costituito dai Consiglieri eletti dall'Assemblea e dai membri della Presidenza nazionale. I Consiglieri eletti dall'Assemblea propongono alla Conferenza Episcopale Italiana la persona per la nomina a Presidente nazionale che, una volta confermata, rappresenta il Movimento in sede nazionale e nei rapporti con CEI. Nel Consiglio nazionale le funzioni di Assistente sono esercitate da un sacerdote nominato dall'autorità ecclesiastica competente.

La Presidenza nazionale. E' costituita dal Presidente, dai Vicepresidenti nazionali, da un Segretario nazionale nominato dalla Presidenza e dall'Amministratore, oltre che dall'Assistente nazionale.